第16話 チャック VS リーサル・ウェポン
あらすじ・感想
コールがフルクラムに捕まり拷問を受け、チャックは24時間体制でサラが守ることに。便宜上チャックはサラと同棲すると姉にも伝える。キャッスルも危険だと踏んで、全員で脱出しようとしていると、コールが逃げて込んで来る。
コールの情報によれば、フルクラムはインターセクトを開発したペルセウスを守っていて、ペルセウスはスイス領事館のパーティーに出席するとのこと。サラとケイシーがパーティーに侵入し、チャックとコールはキャッスルでサポートしている。
パーティー会場の映像を見ていてチャックはバスギャング博士がペルセウスだとサラ達に伝えるが、すでにフルクラムはサラ達の侵入を知って通信妨害を受けてしまう。
コールとチャックは領事館に忍び込むが、チャックの銃が暴発して博士の足に当たって逃げ、チャックは窓に足を挟まれてねんざし、コールは身を挺してサラをかばって怪我をしてしまう。
第17話 チャック VS 攻撃機（プレデター）
あらすじ・感想
チャックは独自にオリオンの行方を探していて、ネットで検索すると向こうからコンタクトがある。チャック宛に高性能なPCを送ったと言って来るが、レスターが新発売のPCだと誤解して自分で触ってしまう。
ゲームだと思って攻撃機をバイモアのビバリーヒルズ店に差し向け、急いでチャックは攻撃機に爆破中止命令を出す。PCはバイモアの金庫で厳重に保管され、チャックのサラ、ケイシーはバイモアに忍び込んで盗み出すことに。
同じく、レスターとジェフの盗みにやって来ていた。オリオンと同じ信号が出ていると古くラムのエージェントまで同じ場所にやって来る。チャックを人質にフルクラムは逃げようとするが、ケイシーの機転でエージェントは倒れ、自分から毒を飲んで自殺を図る。
将軍直々にやって来てオリオンの件を指揮することに。
第18話 チャック VS 傷心
あらすじ・感想
チャックとサラの関係が親密すぎて、保護の仕事に支障を来たしていると考えたベックマン将軍は49Bを発令する。いつものようにチャックはヨーグルトショップでサラ相手に相談を持ちかけると、振り返ったのは別のエージェント、アレックス。
彼女こそが49Bで、サラの査定をしにやって来たのだ。新たな任務でチャック達全員は将軍の指示でアフガンのテロリスト、ハーリッドの潜伏先を探るため、側近のアーマッドに近づこうとする。
彼はペースメーカーを埋め込む手術を受ける予定で、チャックは本人かどうか確認するために病室へ。アーマッドが入院しているのはエリーとデボンが働く病院だった。
セキュリティコードが変更されていて、ケイシーはアーマッドのペースメーカーに盗聴器を仕掛けられない。チャックはデボンのバチェラーパーティーを企画し、どさくさに紛れてケイシーがカードキーを盗むことに。
第19話 チャック VS 夢の職業
あらすじ・感想
チャックはサラと父スティーブの住むトレーラーハウスで10年ぶりに父親と再会する。エリーの結婚の事を告げて家へ父を連れて行き、エリーは同様したものの父と和解することができた。
父がテッド・ロークの話をし始めてローク社の新OSのロゴを見た途端、チンターセクトが反応する。ローク社の新OSにウイルスが混入されていて、世界中に広まろうとしているとのこと。
チャック達は将軍の指示でローク社に侵入し、新OSの発表会でコンピュータが起動しないようにソースコードを抜き取ることに。セキュリティが厳しくサラ達はセキュリティを突破することが出来ない。
チャックはステージでスピーチ中のテッドに襲い掛かってOSの起動ボタンを奪って逃げが、取り押さえられてしまう。スティーブは自分がテッドに人生を壊されたとチャックに話したせいだと、罪の意識に駆られてしまう。