第1話 極限のスパイ
フィオナは自らFBIに自首し、因縁のあるFBI捜査官ジェイソン・ブライの取調べが始まる。サムはフィオナはマイケルを守るために自首したと励ますが、マイケルの怒りは収まらずイライラしっ放しである。
ジェシーからアンソンの情報が入り、海から船で逃げるつもりらしい。マリーナへの通行を阻止するためマイケルはトラックを盗んでわざと炎上させ、道路を渋滞に陥れる。ジェシーは何とかピアースを説得し、マイケルとサムをバックアップしてほしいと頼む。
アンソンは途中にあった化学工場に逃げ込み、マイケル達も後を追う。アンソンはマイケルの母マデリンの元に刺客を送ったと脅し、マイケルが電話すると留守電になっていた。
その頃、マデリンは家でテレビを見ていて、フィオナの逮捕を知る。携帯で電話をしようとしてもつながらず、窓の外に怪しげな人影を目にして急いで隠れる。
第2話 刑務所からの手紙
フィオナは凶悪犯ばかりいるアラロド連邦刑務所で、裁判までの間収監されることにサムのコネでフィオナからの手紙を読むマイケルだが、彼女が参っている様子がわかり刑務所に面会に行ける方法を考える。
サムのコネもCIAのコネも使えず、マイケルは以前の恩師トムを訪ねる。仕事で手柄を立てれば望みがかなうだろうと、メキシコの麻薬カルテルがマイアミに足を伸ばそうとしてるのを止めるミッションを頼まれる。
ターゲットはカルテルのボスサラザールと部下のモンテロ。マイアミに麻薬が入ってくるとの情報が入り、その場所を突き止めるのが仕事。フィーは刑務所の女ボスに目をつけられ狙われている。
モンテロの元にマイケルとジェシーが潜入する予定だったが、彼の弁護士とマイケルとは顔見知りで、ジェシー1人で潜入することに。
第3話 最後の望み
何者かに命を狙われているフィーは所長から隔離房に入るよう提案されるが拒否し、マイケルとの面会書類にサインする。そこで、調達屋のアインに取引を持ちかけ、自分を狙っている者を探してもらう代わりに、看守を2分足止めしてくれと頼まれてOKする。
ピアースから呼び出されたマイケルとジェシー。アンソンから電話があり、ピアースの婚約者は殺され犯人はCIAに保護されているらしい。ピアースが自宅に帰ると、犯人アーメッドに関するファイルが置かれていた。
マイケルはマデリンとネイトの力も借りて、アンソンを罠にかける大がかりな芝居を打つことに。アーメッドの飲み物をジェシーが間違えて飲んで、2人とも感染症になり病院へと運ばれる。ドクターにマイケル、看護師にピアースが扮し、アーメッドの息子にサム達が近づく。
第4話 スパイの同盟
マイケルはフィオナの面会に行き、彼女の命を狙う看守の情報を手に入れる。マイケルとサム、ジェシーで看守の家に行くが、すでに殺された後で、アンソンに従う元ＣＩＡのレベッカが待ち構えていた。彼女はサムを人質に取り車で逃走する。
レベッカに車を銃で撃たれていて、マイケルは応急処置をして2人の後を追う。刑務所でフィオナはナイフをもった囚人に襲われそうになり、アインに助けを求めるが今回は手を貸せないと断られてしまう。
サムはレベッカに車を変えようと提案し、車を奪って運転手に伝言を頼んで車のトランクに入れてしまう。レベッカとサムはそのままヘリツアーに参加することに。車を見つけたマイケルとジェシーはトランクから男を出し、サムの伝言を聞いて先回りしてサムを救い出そうとする。
第5話 2つの取引
マイケルは元上司のトムから呼び出され、フィオナを救出する方法があると聞かされる。フィオナと取引してりる武器商人を突き出せば釈放させると言われ、マイケルは受けることに。
一方、マイケルはアンソンの情報を得るためにレベッカの弟トレントの居場所を突き止めようとしている。トレントが経理をしていた会社はギャングの根城で、トレントが警察に垂れ込んで組織のボス、ハンクが逮捕され刑務所で死亡。
息子のウェスがトレントに恨みを抱いて探し回っているらしい。ウェスの情報を得るためジェシーとネイトとでハンクの刑務所仲間プッチに接触する。
プッチから引き出した情報を使ってマイケルはハンクの刑務所仲間だとウェスに近づき、ハンクを売ったのはトレントじゃないと吹き込む。サムとレベッカは警察の証拠ファイルにトレントではないという証拠を新たに仕込んでいた。